une petite fille de 10ans, Mikan Sakura, qui devient dépressive suite au transfert de sa meilleure amie, Hotaru Imai, dans une école spéciale pour les « Génis » à Tokyo. Après avoir entendu les rumeurs horribles qui courent sur cette école, Mikan décide d’aller chercher sa meilleure amie elle même, et constate à ses dépens que l’école n’accepte que des élèves possédant un « Alice ». Chaque élève possède un pouvoir propre à lui même (comme lire dans les pensées, voler, la télékinésie…) A sa propre surprise, un professeur de l’académie, Narumi, découvre qu’elle possède elle aussi un Alice unique et arrange son admission à l’école.